Se il cavo è lungo o abbastanza piccolo da essere attraversato da una significativa caduta di tensione, significa che nella seconda configurazione ogni batteria vedrà un carico notevolmente diverso.
La batteria più lontana dal carico vede i fili lunghi come una resistenza in serie al carico. Pertanto, verrà assorbita meno corrente da questa batteria.
La batteria più vicina al carico vede pochissima resistenza dai fili in serie con il carico. Pertanto, verrà assorbita più corrente da questa batteria.
Pertanto, la batteria più vicina al carico si scaricherà più velocemente delle altre. Questo probabilmente non va bene, poiché mette più usura su quella batteria.
C'è anche un problema simile con una resistenza dissimile tra le batterie dal punto di vista del controller di carica. Quando le batterie non sono piene, la batteria più vicina al regolatore di carica assorbirà più corrente. Solo se si sta caricando a una corrente sufficientemente bassa da rendere significativa la caduta di tensione attraverso il cavo, tutte e tre le batterie raggiungeranno una carica uguale.
Forse se i carichi sono anche distribuiti sul cavo, potrebbe esserci qualche merito a questo sistema. Tuttavia, in tal caso, penso che potrebbe avere più senso far funzionare ogni carico da una batteria indipendente.
Direi che la soluzione migliore è usare un filo più spesso, che ridurrà la resistenza di quel filo, e di conseguenza la caduta di tensione e la perdita di energia (e il rischio di incendio, assumendo un interruttore di circuito opportunamente selezionato).
Un'altra soluzione è aumentare la tensione su un'estremità, quindi diminuire la tensione sull'altra fine. O semplicemente progettare l'intero sistema per funzionare a una tensione più elevata. Mantenendo costante la potenza, aumentando la tensione diminuisce la corrente e di conseguenza le perdite resistive nel cablaggio. Questa è proprio la tecnica utilizzata dalle utenze elettriche, dove i cavi sono ancora più lunghi.